澳大利亞相關部門一份關於大堡礁的報告說，農藥正在威脅大堡礁生態系統。在澳大利亞東海岸的珊瑚礁群大堡礁總體來說狀況中等，但是每年有28噸農藥從農場流入大堡礁海域，多數來自甘蔗園。
據媒體報導，大堡礁也受到養牛場沉積物的威脅。在大堡礁縱深60公里處也發現了能夠傷害珊瑚的有毒物質。另外，該報告還發現有將近25%的園藝生產者和12%的放牧者採用不被業界接受的有害農藥。
這份報告是第一份關於大堡礁環境水質的官方報告，而洪水也把更多污染物質沖入大海，好在大堡礁最近的情況已有了很大改觀。環保人士呼籲，限制農藥的使用，並禁止使用除草劑。