据经济观察网报道，6月30日上午，农业部邀请中国农科院种业专家佟屏亚等业内人士，征询相关转基因农作物管理的意见和建议。佟屏亚在会上透露，中国农田里早已经大片地种植转基因作物了，有“违规商业化”玉米，也有转基因水稻。违规商业化玉米品种在四川、湖南、贵州、辽宁、吉林等省种植面积多达几十万亩。转基因水稻种子的销售渠道已经遍布南方十多个省，并已形成规模种植。
佟屏亚还指出，农民将收获的转基因大米混在普通大米中进入流通市场，而部分市场上肆意流通的转基因稻米品种来源是华中农业大学张启发研究团队。佟屏亚称，转基因水稻市场流通的情势较为严重。
张启发也曾公开表示，“农业生产试验很难做到全封闭，不排除有人见到田里长着如此好的东西，就拿走我们的稻种材料”，“无法控制农户收获的稻谷流向”。
佟屏亚还指出，农业部现行对转基因农作物的监管较为混乱。农业部应对已经检查发现的转基因违规单位和主要负责人公开通报批评，并对农业部有关失职人员给予处分。
佟屏亚指出，农业部从未批准任何转基因主粮作物商业化，不论是有意的或是无意的，任何人传布或种植转基因主粮作物都是违法的。农业部作为代表国务院行使权力的机构，不要也不应该为几位所谓“精英”遮丑，纵容包庇。要树立农业部权威形象，态度鲜明，禀公执法，严厉问责。
转基因作物种植在中国是一个极具有争议性的话题。中国农业部曾在2011年2月重申，从未批准任何一种转基因粮食种子进口到中国境内商业化种植，在国内也没有转基因粮食作物种植。发放转基因生物安全证书并不等同于允许商业化生产。
据南方周末在5月份曾报道，农业部、环保部、科技部和卫生部组成的四部委联合调查组，已悄悄分赴各地调查中国转基因生物安全。这是中国第一次大规模调研转基因生物安全，亦是官方第一次承认国内存在非法种植转基因作物的事实。
目前，中国在转基因生物方面已有的法律法规包括：1996年农业部发布的《农业生物基因工程安全管理实施办法》，2001年国务院颁布的《农业转基因生物安全管理条例》等。此外，截至2009年底，中国农业部已发布了62项转基因生物安全技术标准。